Opvallend is de hoge en lange rugvin die diepgekleurd kan zijn: paars tot zwart. En kenmerkend voor alle salmoniden is de vetvin. De zilvergrijze flanken zijn bedekt met zwarte kleine vlekken, met name boven de zijlijn.
De vlagzalm dankt zijn Latijnse naam aan de karakteristieke geur van tijm.
Vlagzalm komt ook voor in meren en (soms) in brakwater (Baltische zee).
In tegenstelling tot de overige salmoniden trekt de vlagzalm niet naar zee. Het trekgedrag blijft alleen beperkt tot dat naar de paaigebieden, veelal zijn dat korte afstanden.
De vrouwtjes leggen hun eieren in nestkuilen waarna de eitjes door een of meerdere mannetjes bevrucht worden. Na 2 tot 3 weken komen de eitjes uit. De larven brengen hun eerste levensdagen door in de beschutting van de oever waar de stroming minimaal is. Bij een lengte van ongeveer 4 cm zoeken ze de hoofdstroom op waar ze scholen vormen op de bodem van de rivier.
Jonge vlagzalmen hebben de voorkeur voor een bodem van zand of fijn grind. De oudere en oude exemplaren verkiezen grind of stenen als bodembedekking.
Jonge vlagzalm voedt zich voornamelijk met dierlijk plankton en watervlooien. Later schakelt de vis over op insecten(larven) waarbij een grote voorkeur geldt voor kokerjuffers. Ingewaaide landinsecten worden ook gegeten evenals wormen en kreeftachtigen. Volwassen vlagzalmen nemen ook kleine vis tot zich.
Vlagzalmpopulaties in Midden Europa staan onder druk. Enerzijds speelt de vervuiling parten waardoor de bodem begroeid raakt met algen en wier. De kans op een geslaagde voortplanting loopt dan terug.
Anderzijds is de sterk groeiende aalscholver populatie een bedreiging voor de vlagzalmstand. Omdat vlagzalm de voorkeur heeft voor vlakstromend water en graag in scholen zwemt zijn zij een gemakkelijke prooi voor de diepduikende aalscholvers. Vooral in West Duitsland (Eifel) loopt de vlagzalmstand sterk terug.